Χμμ, επειδή το είχα κι εγώ αυτό το πρόβλημα στο (μικρό) διάστημα που είπα να παίξω λίγο με encoding, ανακάλυψα ότι δεν είναι ακριβώς θέμα προγράμματος. Φταίει το φίλτρο που χρησιμοποιεί το πρόγραμμα για την κωδικοποίηση των υπότιτλων. Είτε χρησιμοποιήσεις AviSynth (καλύτερα από πλευράς codec όπως θα σου πουν και τα παιδιά που ξέρουν) είτε κατευθείαν το VirtualDubMod (πιο εύκολο κατ' εμέ, αλλά δεν μπορεί να επεξεργασθεί μόνο του τον Χ264 codec με τον οποίο είναι κωδικοποιημένα σχεδόν όλα τα mkv αρχεία), φρόντισε να έχεις φορτώσει ένα φίλτρο υποτίτλων που να υποστηρίζει Unicode (όπου ανήκει και η ελληνική γλώσσα). Εγώ είχα κατεβάσει την Unicode έκδοση του VobSub φίλτρου του Gabest. Νομίζω το βρίσκει κανείς εύκολα στο ίντερνετ. Αν δεν υποστηρίζει unicode το φίλτρο σου, ό,τι και να κάνεις αλαμπουρνέζικα θα βλέπεις στο τέλος νομίζω. Απλά αυτά τα "όλα-σε-ένα" προγράμματα που κατεβάζει κανείς από το ιντερνετ απευθύνονται κατά κύριο λόγο σε αγγλόφωνους χρήστες, κι έτσι δεν χρειάζονται unicode. Μπορεί να έχεις προσέξει και ο ίδιος ότι τα αγγλικά τα δείχνουν κανονικά, αλλά τα ιαπωνικά από πχ τα καραόκε πάλι εμφανίζονται σαν αλαμπουρνέζικα.
ΥΓ: Λόγω σχετικής ασχετοσύνης, υπάρχει πάντα η μικρή πιθανότητα να πετάω κοτσάνες σε ό,τι έχει να κάνει με θέματα encoding. Σε αυτή την περίπτωση, παρακαλώ διορθώστε δεόντως.

_________________
Δίνω κατατακτήριες ιαπωνικών στο Διδασκαλείο του ΕΚΠΑ... για να δούμε τι στο καλό έχω μάθει. :P