Ο Okajima Rokuro είναι ένας Ιάπωνας υπάλληλος. Η καθημερινότητα του είναι ανιαρή και γεμάτη πειράγματα απο τους ανώτερους του και επισκέψεις σε εκδηλώσεις της εταιρείας. Θα καταφέρει όμως να κάνει ένα διάλειμα απο ολα αυτά, καθώς η εταιρεία του τον στέλνει στην τροπικά Ν.Α Κίνα για να παραδώσει ένα ψηφιακό δίσκο. Στο ταξίδι του πέφτει θύμα απαγωγής απο τρεις πειρατές που σκοπό έχουν να του κλέψουν το δίσκο. Πάνω στο σκάφος τους, το "Black Lagoon" θα αρχίσει να ξετυλίγεται μια υπόθεση που θα κάνει τον Rokuro να παρακαλάει να είχε προτιμήσει την ανιαρή καθημερινότητα του...