Στον κόσμο όπου διαδραματίζεται η περιπέτεια υπάρχει μια δύναμη αποκαλούμενη αλχημεία. Αυτοί που έχουν την ικανότητα να την χρησιμοποιήσουν μπορούν να μετασχηματίσουν οτιδήποτε θέλουν σε κάτι άλλο. Αν και η αλχημεία μπορεί να κάνει αφάνταστα πράγματα, υπάρχουν δύο νόμοι που την κυβερνούν. Ο πρώτος νόμος λέει ότι μπορεί μόνο να δημιουργηθεί κάτι με την ίδια ακριβώς μάζα των υλικών που θα χρησιμοποιηθούν, αυτό ονομάζεται ισοδύναμη ανταλλαγή. Ο άλλος νόμος είναι ότι δεν μπορεί να εφαρμοστεί σε άνθρωπο. Όταν οι αδελφοί Edward και Alphonse Elric χάνουν τη μητέρα τους σε νεαρή ηλικία, παραβιάζουν τον δεύτερο νόμο και προσπαθούν να την επαναφέρουν πίσω στη ζωή. Έτσι, ο Alphonse χάνει ολόκληρο το σώμα του και μεταφέρεται η ψυχή του σε μια πανοπλία. Ο Edward χάνει έναν χέρι και ένα πόδι. Μόλις ανακτούν τις δυνάμεις τους, αρχίζει μια αναζήτηση για να επαναφέρουν τα χαμένα μέλη του σώματος τους με την εύρεση της θρυλικής φιλοσοφικής λίθου, μιας συσκευής που έχει τη δυνατότητα να παρακάμψει τους νόμους της αλχημείας και να δώσει στον ιδιοκτήτη της απεριόριστη δύναμη.