Ένα νεαρό ζευγάρι έχει εμπλακεί στον πόλεμο μεταξύ δυο αντίπαλων λαών, της πρωτόγονης αλλά περίλαμπρης Itha και της στρατοκρατούμενης αλλά απείθαρχης Paro.
Ο Izu και η νεαρή σύζυγός του, Marin, είναι απλοί χωρικοί που ζουν στο μετριοπαθές χωριό Saki, το οποίο βρίσκεται ανάμεσα στην Itha και την Paro. Ενώ το Saki δε διαθέτει την ομορφιά της Itha ή τις πολεμικές μηχανές της Paro, εντούτοις κατέχει ένα μεγαλοπρεπές δέντρο ονόματει Windaria, στο οποίο οι χωρικοί προσεύχονται, για να λάβουν καλές αναμνήσεις.
Όταν ξεσπά ο πόλεμος, ο Izu αποφασίζει να καταταγεί στον στρατό της Paro, συνεπαρμένος από την φανταστική μοτοσυκλέτα που του δόθηκε ως δώρο. Πριν αναχωρήσει, ανταλλάζει όρκους με τη γυναίκα του : αυτός θα γυρίσει σίγουρα σε αυτήν, και μέχρι να το κάνει, αυτή θα τον περιμένει.
Το άλλο ζευγάρι είναι ο Jill, ο πρίγκιπας της Paro, και η Ahanas, πριγκίπισσα της Itha. Αρχικά δε θέλουν να έχουν καμιά σχέση με την κλιμακούμενη διαμάχη, όμως μετά από μια διαμάχη και τον θάνατο του πατέρα του Jill, βασιλιά της Paro, από το χέρι του ίδιου του του γιου, ο Jill δεν έχει άλλη επιλογή παρά να πραγματοποιήσει την τελευταία επιθυμία του πατέρα του: να καταλάβει την Itha. Το μόνο πρόβλημα είναι ότι υποσχέθηκε στην αγαπημένη του, την Ahnas, όταν δεν θα εμπλεκόταν.
Το Windaria είναι μια παραβολή ενός πολέμου, τοποθετημένου σε έναν φανταστικό κόσμο μονόκερων και πλοίων - φαντασμάτων.
